葉盛茂涉嫌隱匿前總統陳水扁家族海外洗錢案，檢方在他的黑色公事包中，搜到當時要呈報的公文影本，加上他坦承未將公文情資交付總長陳聰明，檢方在8月28日偵查終結，葉盛茂依刑法第138條毀損、隱匿公文罪嫌提起公訴，並求刑2年6個月，成為中華民國司法史上第一位被起訴的前調查局長。

葉盛茂在9月2日召開記者會，公開坦承將前第一家庭疑似洗錢的情資公文交給前總統陳水扁，陳水扁事後告訴他公文已找不到，台北地檢署為釐清真相，9月5日分別傳訊葉盛茂、陳水扁兩人，追究可能另外衍生的隱匿公文、洩密等刑責；10月6日再度開庭時，法官認為他涉嫌圖利扁家，當庭收押禁見；10月8日，台北地方法院傳喚再度陳水扁和葉盛茂公開對質。

本案11月13日進行最後辯結庭，葉盛茂再三強調，他所作所為全都出於「忠誠」，不是為「陳水扁」服務，他還表示，如果知道如此，當初就不會把公文交給陳水扁，對於自己的行為感到後悔。但葉盛茂 的所謂「忠誠」，已因時空背景之改變，成為不可饒恕之罪行。