許惠祐曾任陸委會副主委、海基會祕書長、海巡署長，對兩岸事務有全盤性了解，擔任海巡署長期間對軍、警事務亦有一定掌握。國安局出現第一位「文人局長」後，國防部是否也將出現我國第一位國防部「文人部長」，備受矚目。

邱義仁在民進黨內被稱為「永遠的祕書長」，分別曾任總統府、國安會、行政院、民進黨四大祕書長，而且擁有曾回鍋擔任總統府、國安會祕書長的罕見紀錄。

邱義仁在二○○三年初，首度擔任總統府祕書長，二○○四年發生三一九槍擊案時，府內就是由邱義仁坐鎮操盤。直到二○○四年五二○陳總統展開新任期前夕，延攬蘇貞昌擔任總統府祕書長，邱義仁才又回任國安會祕書長。

陳唐山是從外交部長轉任總統府祕書長，外傳他原本希望爭取駐美，但美方對其獨派背景有意見，不過我方的說法是，總統府祕書長為院長級，駐美代表一職位階太低。